Rodando script no RStudio

Primeiramente, o que seria um script?

Por definição, script, é um texto com uma série de instruções escritas para serem seguidas.

No caso do R, as instruções são os comandos. Lembrando que cada linha digitada no console corresponde a um comando. Por exemplo, podemos utilizar a função plot() para fazer o gráfico de x por y quando digitamos o comando:

> plot(x,y) # exemplo de comando

O símbolo de maior (>) nos informa que o comando em seguida deverá ser digitado no console e executado apertando a tecla enter do teclado. O símbolo cerquilha ou hashtag (#), também conhecido popularmente como jogo da velha, é utilizado para inserir comentários em um comando; ou seja, aquela parte não será executada pelo software na leitura da linha de comando.

No quadro abaixo, trago um exemplo de script montado com os comandos utilizados no postagem sobre Regressão Linear. 

### REGRESSÃO LINEAR ### x <- c(0,20,40,60,80,100) # pontos do eixo x y <- c(2017,42085,81976,122021,161989,202100) # pontos do eixo y reg = lm(y~x) # faz a regração summary(reg) # mostra os resultados # Graficos estatisticas par(mfrow = c(2,2)) # plot com duas linhas e duas colunas hist(resid(reg),xlab="Resíduos",ylab="Frequência", main="Histograma dos Resíduos") qqnorm(resid(reg),xlab="Quantis teóricos",ylab="Quantis amostrais", main="Gráfico Q-Q dos Resíduos") qqline(resid(reg),col=2) plot(fitted(reg),resid(reg),xlab="Valores ajustados",ylab="Resíduos", main="Resíduos x Valores Ajustados") abline(h=0,lty=2,col=2) plot(resid(reg), type="o", xlab="Ordem", ylab="Resíduos", main="Resíduos x Ordem") abline(h=0,lty=2,col=2) # Grafico da reta par(mfrow = c(1,1)) # plot gráfico único plot(x, y, xlab="Concentração (ppm)", ylab="Sinal (u.a.)", main="Curva Analítica", abline(reg,col=2))

Para rodar o script basta copiá-lo, clique no quadro e aperte Ctrl +A para selecionar tudo e Ctrl + C, e depois colá-lo,com Ctrl + V, na janela do R Script dentro do RStudio. Em seguida basta selecionar tudo (Ctrl + A) e clicar em Run. Para salvar o script é só clicar no desenho do disquete, o resultados exibidos no console podem ser copiados e colados em um arquivo de texto (documento do Writer ou Word) e o gráfico plotado pode exportado no formato desejado.

LibreOffice Math - Equações e fórmulas

O Math é um aplicativo dentro do LibreOffice que serve para escrever equações e fórmulas matemáticas com a mesma qualidade dos livros. Seu funcionamento é similar ao do LaTeX, pois para desenharmos a fórmula, entramos com um código escrito que gerará a representação com os símbolos conforme o formalismo matemático. 

Embora parece difícil de usar, o Math conta com abas com alguns modelos já preestabelecidos, lembrando um pouco até do Equation ou Math Type do Microsoft Office, com as pequena diferença que o Math as possibilidades são praticamente infinitas.

Na figura abaixo, apresento alguns comandos e as fórmulas geradas. Neste exemplo, abri o Impress e cliquei em Inserir/Objeto/Fórmula que já abrir o Math. O tamanho da fonte foi alterado indo em formatar e tamanho da fonte dentro do Math mesmo.

Filtração a vácuo

Créditos no vídeo.

LibreOffice

Quando se fala em LibreOffice algumas pessoas logo já demonstram estranhamento, pois normalmente estão acostumadas a utilizar o Microsoft Office, ou nunca precisaram usar algum software de escritório. Daí surge a pergunta porque utilizar o LibreOffice?

O LibreOffice é um pacote/suíte de softwares de escritório; com esses programas é possível escrever e formatar documentos, fazer apresentações, montar planilhas e muito mais. De imediato quase todo mundo lembra do Microsoft Office, mas saiba que ele é pago, quando você compra um computador que vem com Microsoft Office, o preço do software está embutido no valor total; outra coisa que é muito comum são pessoas que fazem o download do office e depois fica aparecendo o aviso "que você pode ter sido vítima de pirataria e seu software não é original", pedindo então para você comprar o original; outras pessoas utilizam-se de artifícios como arquivos crack e geradores de licença para driblar esses avisos.

O LibreOffice é totalmente gratuito e open source, ou seja, você terá um software original e de graça. Muitos irão dizer que é difícil de usar e que a aparência não é tão bonitinha quanto a do Microsoft Office. Mas o fato é que as ferramentas são praticamente iguais; por exemplo, quebra de página ou inserir figura tanto no LibreOffice quanto no Microsoft Office executam a mesmíssima função, o que difere é a forma de acioná-la. O LibreOffice utiliza-se do conceito de barra de ferramentas, enquanto que nas versões modernas do Microsoft Office temos abas com botões, o que torna o seu uso mais intuitivo.

Vantagens do LibreOffice:

• É gratuito! E open source;
• Não precisa ativar licença, nem de crack ou serial, ou seja, seu software é sempre original;
• É Leve e rápido. A versão mais recente (5.1) ocupada quase 500 mb, enquanto que o Microsoft Office há muito tempo já passou de 1,5 Gb;
• Está em constante desenvolvimento e atualização. A cada versão/atualização são corrigidos os erros e implantadas melhorias;
• Milhares de plugins e todos gratuitos (coisa que ainda preciso aprender a usar);
• Tem a LibreOffice Magazine que é revista digital gratuita (em Português) que trás dicas e tutorias;
• Consegue fazer tudo que o Microsoft Office faz.

Dentro do pacote LibreOffice, temos seis softwares:

1. Writer: server para escrever e formatar documentos de texto, tem função similar a do Word;
2. Calc: é o software de planilhas e gráficos, tem função similar ao Excel;
3. Impress: permite criar apresentações, tem função similar ao PowerPoint;
4. Draw: pode ser utilizado para criar desenhos, diagramas e artes, e produz qualquer documento de editoração eletrônica;
5. Base: software para trabalhar com banco de dados, tem função similar ao Access;
6. Math: editor de equações e fórmulas, permitindo salvar a fórmula em arquivo e/ou inserir em outros documentos do LibreOffice. Sendo um poderosa ferramenta parar trabalhar com fórmulas matemáticas, tem função similar ao Equation Edit dentro do Microsoft Office.

Dentro desses softwares podem ser utilizados inúmeros plugins para as mais diversas funções.

Links:

LibreOffice Brasileiro: https://pt-br.libreoffice.org/

Revista LibreOffice Magazine: https://pt-br.libreoffice.org/projetos/revista

Como Fazer Experimentos

Link para download: https://www.dropbox.com/s/elr76162c5oqxpp/Como%20fazer%20experimentos%202ed%20Barros%20Neto.pdf?dl=0

Filtração simples

Créditos no vídeo.

Gráficos com datas no R

Fazer gráficos com datas sendo uma da variáveis de forma que o formato da data fique dia/mês/ano, igual ao utilizado no dia a dia aqui no Brasil.

 Primeiramente começo montando uma planilha feita no Office (LibreOffice ou Microsoft Office) dá seguinte forma:

data	valor
01/05/2014	52
02/05/2014	47
03/05/2014	89
04/05/2014	56
05/05/2014	87
06/05/2014	25
07/05/2014	34
08/05/2014	46
09/05/2014	55
10/05/2014	70

Depois basta exportar a planilha no formato CSV e importar os dados pelo RStudio usando o botão Import Dataset e em seguida o comando:

> attach(nome.do.arquivo)
 > datas <- as.date="" data="" format="%d/%m/%Y"> plot(datas,valor,xaxt="n") #faz o grafico sem as datas no formato ingles 
<- as.date="" data="" format="%d/%m/%Y">> axis.Date(side=1,datas,format="%d/%m/%Y")
<- as.date="" data="" format="%d/%m/%Y">

Para fazer o gráfico usando o ggplot2, basta carregar o pacote e usar os comandos:

> library(ggplot2)
> grafico <- data="" qplot="" valor=""> library(scales) 
<- data="" qplot="" valor="">> grafico + scale_x_date(labels=date_format("%d/%m/%Y"))

Começo de formatação em LaTeX

Pra quem não conhece o LaTex é um conjunto de macros para processadores de texto Tex, traduzindo, é uma forma de escrita usada em editores de texto que permite que você escreva sua tese, relatório ou livro sem perder a formatação e podendo inserir figuras, equações matemáticas super complicadas ou mesmo um livro com notas de rodapé e tal; tudo isso de maneira leve e com muita qualidade.

Estou usando a linguagem Tex (Latex) para escrever minha monografia (TCC) e trabalho com o editor de texto TeXstudio que considero o melhor editor, e ele é gratuito e roda em windows (uso o windows 7).

Consegui criar um arquivos nas normas Abnt sem usar o famoso pacote Abntex, pois quando utilizei ele tive problemas. Então aqui vou deixar o comando que utilizei para fazer meu relatório.

Preâmbulo:
 \documentclass[A4paper,12pt]{article}
\usepackage[brazil]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{textcomp}
\usepackage[top=3cm,left=3cm,right=2cm,bottom=2cm, includefoot]{geometry} \renewcommand{\baselinestretch}{1.5}
\usepackage{indentfirst}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[footnotesize]{caption} 

Dentro do \begin{document}
Para fazer o sumário:
\begin{center}
\tableofcontents
\thispagestyle{empty}
\end{center}
\newpage
\pagestyle{myheadings}
\section{Introdução}

 Para inserir as referências usei o Jabref para criar o arquivo ref.bib (lembrando que esse arquivo deve esstar na mesma pasta que o tex) e depois usei:
\pagebreak
\centering
\addcontentsline{toc}{section}{Referências}
\bibliographystyle{unsrt}
\bibliography{ref}

Validação de métodos

Analítica uma das grandes áreas da Química, e estabelece relação com diversas outras áreas; pois uma hora ou outra, todos precisaremos determinar qualitativamente e/ou quantitativamente alguma coisa, por exemplo: glicose no sangue, metais em água, produtos de uma reação, etc. E por trás de todo resultado há um método definido e testado, então nada melhor que entender como é validado um método.

Para entendermos um pouco mais sobre metodologia analítica, indico o artigo de revisão intitulado "Validação em métodos cromatográficos e eletroforéticos". Mesmo sendo um artigo científico, ele traz informações básicas e concisas, abordando o que é mais importante quando se trabalha com validação de métodos.

Link para o artigo:
http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-40422004000500017

Pesquisa em base de dados científicos

Chegou a hora de escrever a revisão de literatura (revisão bibliográfica) do seu trabalho (seja projeto, monografia, dissertação, tese, etc.). Revisão bibliográfica todos sabemos que é uma parte do texto do nosso trabalho onde realizamos uma análise crítica, meticulosa e ampla das publicações numa determinada área de conhecimento. Mas como começar? O primeiro passo é "varrer" bases de dados para encontrar artigos de interesse para ler e então começar a organizar as ideias principais que serão escritas na revisão bibliográfica.

Depois da popularização da internet, não tem desculpa para uma revisão de literatura mal feita ou incompleta. A informação está acessível e cabe a você apenas procurar. E nessa busca por material básico e referências é que surge a dificuldade de onde procurar e também a questão de como procurar. Acredito que boa parte das pessoas procuram somente no Google e em artigos/livros indicados pelo orientador; e acabam deixando de lado as bases de dados científicos.

No intuito de ajudar esse processo de busca, listo estas bases de dados que utilizo:

• Scopus
• SciELO
• Science Direct
• Web Of Science
• Periódicos CAPES
• Google Scholar (muito cuidado nessa hora!)

Vale a pena lembrar que sou da área de Ciências Exatas, por isso uso essas bases de dados. Áreas como Ciências Humanas e Saúde, devem possuir bases de dados específicas para esse tipo de conteúdo, como por exemplo o PubMed. Notem que destaquei o cuidado em se utilizar o Google; quando pesquisamos no Google, mesmo usando o Acadêmico, o resultado da busca trará de tudo (acreditem, de tudo mesmo). Mas ele também é um ferramenta poderosa quando utilizado no modo de pesquisa avança e com uma boa estratégia de busca.

Para que a busca não seja aleatória, procure traçar uma estratégia pois o que queremos está no meio de um vasto acervo disponível. Antes de iniciar a pesquisa precisamos ter em mãos os descritores, ou seja, a palavra certa ou ainda, a mais usada para representar um assunto; pra isso vale a pena escrever as palavras chave em um papel e ir cruzando e/ou restringindo as buscas por meio de operadores booleanos AND, OR e NOT.

Outro problema que pode surgir, é que na hora de baixar alguns artigos, que poderão ser de grande utilidade, você percebe que nem todos estão livres para download e/ou visualização do texto. Nessa hora é interessante fazer uso do Sci-Hub, que é um site russo que "remove todas as barreiras do caminho da ciência" e permite o acesso a pesquisas cientificas. Basta entrar com a informação do artigo (DOI ou URL), clicar na chave e digitar as letras que aparecerem no verificador, em seguida já terá acesso ao conteúdo. Com um bom resultado de busca e dedicação na leitura, a árdua tarefa de escrever a revisão bibliográfica ocorrerá de maneira lógica e natural.

Links:

Scopus: http://www.scopus.com/

SciELO: http://www.scielo.org/php/index.php

Science Direct: http://www.sciencedirect.com/

Web Of Science: https://www.webofknowledge.com

Periódicos CAPES: www.periodicos.capes.gov.br 

Sci-Hub: https://sci-hub.cc/